流标后招标代理公司应该直接退还投标保证金。《工程建设项目施工招标投标办法(七部委30号令)》 第六十三条 招标人最迟应当在与中标人签订合同后五日内，向中标人和未中标的投标人退还投标保证金及银行同期存款利息。

　　投标保证金怎么退

　　首先，在招标方在招标会中确定了中标单位的话，会由招标方的相关部门人员为各位投标者填写他们的投标保证金的退还申请单，同时再由其所在部门的领导人或者具有对此事有审批权力的人对其进行审批后，开始办理相关事宜，其实一般来说在招标方相关部门开具投标保证金退还申请单递交给其财务部门后，财务部在核实相关情况后会在5个工作日内向相关单位退还其招标会之前缴纳的投标保证金。

　　在申请退回投标保证金时，我们一般要提前准备好我们在招标会时在缴纳投标保证金时招标方为我们开具的投标保证金收据的原件;我们的注册卡;然后在附上我们的退还投标保证金申请书。

　　除此之外，对于投标保证金来说，我们一般向招标方缴纳的投标保证金金额在投标价的2%左右，并且投标保证金并非全部为直接缴纳现金，我们还可以向招标方开具一些银行的保函或者一些支票，只有你开具的东西具有与相应投标保证金相应的价值或具有相应的效力即可，而且，投标保证金是具有时效期的，它的有效期与招标会的投标有效期相一致，同时投标人必须要安装招标方所规定的缴纳投标保证金的方式和金额数量向招标方在投标文件的提交截止日期之前尽数缴纳保证金。